La Unión Sindical Obrera se estructura en cinco federaciones profesionales, que agrupan a los afiliados a partir de las secciones sindicales y que abarcan las principales áreas de actividad económica: Industria (FI-USO); Servicios (FS-USO); Empleados Públicos (FEP-USO); Enseñanza (FE-USO), y Seguridad Privada (FTSP-USO).

Las Federaciones representan a sus afiliados y delegados ante los poderes públicos, patronales e instituciones y se encargan de realizar y promover la acción sindical y la negociación colectiva en su ámbito; se encargan del estudio de problemas sectoriales e intersectoriales y la propuesta de alternativas; de la resolución de conflictos entre organizaciones de su ámbito, así como de programar y realizar las elecciones sindicales, entre otras funciones.